进化论之争六个焦点
1.脊椎动物的眼睛
智能设计论支持者表示，包括人类在内的脊椎动物的眼睛无法以楼梯式的递进方式进化。这是因为眼睛由多个相互影响的部分构成，除掉任何一个部分都会造成整个系统瘫痪。他们由此认为，眼睛定是以一蹴而就的方式形成的。总部设在美国西雅图的“发现研究所”(Discovery Institute)就宣扬所谓的智能设计论。该研究所发言人凯西·鲁斯金(Casey Luskin)说：“如果看一看这些进化进程，你会发现它们常常突然多了一个水晶体或角膜。这种事情不会发生在进化论上，按照这一理论，你必须按部就班地使东西进化。”
美国加利福尼亚西方学院古生物学家唐·普罗特罗(Don Prothero)说，脊椎动物眼睛的进化过程存在于化石记录中。普罗特罗是《进化：化石记录的证据及其原因》一书的作者。他说：“有多篇证据确凿的研究论文表明，像眼睛这样复杂的结构能从只有一个受光器的单眼逐步进化而来，直至像人眼这样复杂的结构。”普罗特罗认为，智能设计论的支持者显然忽略了这一证据。
2.寒武纪大爆发
寒武纪大爆发(Cambrian explosion)是指距今5.3亿年前，地球上在一个相对短的时间内突然出现了像捕食生物这样复杂程度前所未有的新物种。现存几乎所有的生物体的祖先都可以追溯到这个时期。按照发现研究所发言人鲁斯金的说法，寒武纪大爆发代表着“大批生物多样性突然爆发，这便需要大量信息被迅速注入生物圈。按照我的观点，只有智能主体才能解释信息如此快速涌现的来源。我不认为一步步的进化过程胜任这项工作。”
西方学院古生物学家普罗特罗认为，寒武纪大爆发其实根本就不是“爆发”。他说：“它是具有30亿年历史的‘缓燃引信’，我们有化石记录证明这一点。此外，我们现在还有各种各样来自寒武纪大爆发前软体生物化石和只能在显微镜下看见的生物化石。你可以非常清楚地看到，结构复杂的生物体是如何从结构简单的生物体进化而来。”
3.DNA
作为地球上几乎所有生命形式的蓝图，智能设计论支持者认为，DNA分子具有高度复杂而具体的信息(CSI)。仅仅将4个化学基作为信息，DNA就能在螺旋结构内解码出供生物体生存所需所有蛋白质的指令。高度CSI是指既复杂又高度具体的物体或现象，就像语言和机器这样的人工智能的产物。鲁斯金说：“具有高度CSI的系统只能来自于智能。”
进化论者认为，一旦DNA分子部分结合，自然选择便会占得上风，形成越来越复杂、越来越具体的适于遗传密码使用的分子。普罗特罗说，虽然没有超自然现象引导DNA的进化过程，“但自然选择便是那种无机会的成分。”
4.细菌的“腿”
有些细菌利用名为鞭毛的鞭子似结构活动，每个鞭毛由数十个复杂、相互连接的蛋白部分构成。智能设计论支持者认为，同脊椎动物眼睛一样，细菌鞭毛“具有不能简化的复杂性，”因为缺少任何一部分，都会造成整个系统停止工作。这意味着循序渐进式的进化是不可能的事情。
普罗特罗表示，同脊椎动物的眼睛一样，科学家发现了导致细菌鞭毛形成的中间环节：“大自然存在一些半鞭毛，它们没有细菌鞭毛那么复杂。这一切都得到了详细记录，智能设计论支持者再次忽略了这方面的证据。”
5.鲸鱼
达尔文因提出小型陆栖动物可以进化为现代鲸鱼(如上图中在多米尼加某加勒比海岛屿附近水域游弋的小鲸鱼)而在当时遭人奚落。鲁斯金说：“鲸鱼具有漫长的进化历史，数量不多。即便是按照最坏的假设，鲸鱼也会竭力快速进化。要想在1000万年内改变使小型陆栖哺乳动物变成功能齐全的鲸鱼的基因突变，从数学上讲这完全是不可能的。”
然而，古生物学家的研究发现，达尔文的这一理论距离事实真相并不遥远。20世纪70年代末期，科学家陆续挖掘出“古时”鲸鱼的化石，这些鲸鱼一开始多是陆栖动物，随时间推移慢慢转向海洋生活。普罗特罗说：“我们拥有鲸鱼从陆地向海洋过渡的化石证据。任何忽视这一点的人都是在对着化石记录说瞎话。”
6.宇宙完善
根据我们对宇宙运转方式的了解，人类看上去生活在一个具有变数的宇宙环境中，而这些变数非常适于生命存在。例如，引力常数(定义两个具有质量的物体之间吸引力的方程式)的值就适于创造绕类日恒星旋转的行星，它们的“寿命”足够长，可以维持生命的进化。智能设计论支持者由此认为，这必定意味着宇宙是由心里想着生命的超自然东西“设计”出来的。
普罗特罗说，一个“不断趋于完善”的宇宙展现出有限的想象力：“你可以想象一个不是为我们而可能为别的东西改变的宇宙，这样想的途径有很多。”例如，部分物理学家提出，我们的宇宙只是一个大“多元宇宙”的一部分，这个“多元宇宙”中可能有多个宇宙。倘若人类只是生活在一个很适合他们居住的宇宙内，那应该就没有什么令人吃惊的地方了。(孝文)
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